Ursprünglich gehörten die Katholiken von Däniken zur Pfarrei Kilchberg und nach der Reformation zur Pfarrei Gretzenbach. Im 17. Jahrhundert erhielt das religiöse Leben durch die Rosenkranzbruderschaft grossen Auftrieb. An der Stelle der heutigen Pfarrkirche wurde im Jahre 1710 eine Rosenkranzkapelle gebaut. Doch rechtlich blieb die Seelsorge weiterhin in der Verantwortung des Pfarrers von Gretzenbach.

Im Jahre 1890 wurde die St.Josefs-Anstalt auf dem heutigen Kirchenareal erstellt, die bis zur Verlegung nach Bachtelen Grenchen den verwaisten Kindern aus schwierigen Familienverhältnissen ein Zuhause ermöglichte.

Schon 1933 waren Bestrebungen im Gange, eine eigene Pfarrkirche in Däniken zu bauen. 1956 wurde in Däniken ein eigenes Pfarramt eingeführt. Im Jahre 1962 erfolgte im Dorfkern der Spatenstich für ein grosszügiges Kirchenprojekt. Eine Pfarrkirche mit 400 Sitzplätzen, ein grosser Kirchenvorhof, ein Pfarrsaal für 250 Personen und ein Pfarrhaus sollten in Zukunft das religiöse Zentrum für die kath. Bevölkerung in Däniken werden. Im Mai 1964 wurde die Kirche feierlich eingeweiht.